Το Γυμνάσιο Αφάντου ιδρύθηκε το 1978-’79 και στεγαζόταν στο σημερινό 3ο Δημοτικό Σχολείο Αφάντου. Το 1985 μεταφέρθηκε σε νέο κτίριο στο οποίο στεγάζεται σήμερα το Γενικό Λύκειο Αφάντου. Από το 2004 όμως, στεγάζεται σε ένα σύγχρονο βιοκλιματικό κτίριο, η ανέγερσή του οποίου έγινε το 2003. Τα μαθήματα ξεκίνησαν στο κτίριο αυτό από το σχολικό έτος 2004 –2005. Διαθέτει συνολικά 13 αίθουσες διδασκαλίας, εργαστήριο Πληροφορικής, εργαστήριο Φυσικής-Χημείας, δανειστική βιβλιοθήκη, κλειστό γυμναστήριο, καθώς και μία αίθουσα πολλαπλών χρήσεων με θεατρική σκηνή.